В 1744 г. живший в пещере при Китаевой пустыни монах Досифей (преп. Досифея Киевская) подарил своему благодетелю - крестьянину из Пирогова - деньги, что получил от императрицы Елизаветы Петровны. На эти средства старая приходская церковь в Пирогово была заменена новой. В 1826 г. здесь была построена каменная Крестовоздвиженская церковь. С приходом большевиков церковь была разрушена.
Частная средняя общеобразовательная школа «Співтворчість» I–III ступеней открылась в 1996 г. Часовня была открыта 19 августа/1 сентября 1998 г. и освящена малым чином.
Первая Литургия была отслужена 30 октября/12 ноября 2006 г. Храм размещается в переоборудованном помещении (отдельный вход с торца административного здания).
12/25 июля 2002 г. архиерейским чином был освящен Крест на месте строительства будущего храма. Первая Литургия отслужена в день престольного праздника, 9/22 декабря 2002 г.
С конца 90-х годов ХХ столетия духовенство Макарьевского храма города Киева духовно окормляло Национальную академию внутренних дел Украины (НАВД). При активном содействии ныне покойного ректора НАВД генерал-полковника милиции Кондратьева Ярослава Юрьевича и настоятеля Макарьевского храма протоиерея Анатолия Затовского, на третьем этаже административного здания НАВД была переоборудована часть холла под православный храм в честь святого Архистратига Михаила.