С конца 90-х годов ХХ столетия духовенство Макарьевского храма города Киева духовно окормляло Национальную академию внутренних дел Украины (НАВД). При активном содействии ныне покойного ректора НАВД генерал-полковника милиции Кондратьева Ярослава Юрьевича и настоятеля Макарьевского храма протоиерея Анатолия Затовского, на третьем этаже административного здания НАВД была переоборудована часть холла под православный храм в честь святого Архистратига Михаила.
Обустройство храма началось в сентябре 2005 г. В январе 2006 года, по благословению Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины Владимира, парафия храма архистратига Михаила перешла в новосозданный Богоявленский храм, поскольку там были намного лучшие условия для проведения богослужений, а также для миссионерской деятельности среди курсантов.