По лаврскому преданию, основателем обители считается св. блгв. кн. Андрей Боголюбский (†1174, пам. 4/17 июля), получившего прозвание Китай. Другое толкование названия связано с находившимся здесь древнерусским укрепленным городищем — южным форпостом Киева (тюркское слово «китай» означает укрепление, крепость).

Ионинский монастырь основан по особому смотрению Божию — после неоднократного явления Господа и Божией Матери прп. Ионе (тогда насельнику Выдубицкого монастыря). Согласно преданиям, возникновение монастыря предсказал юродивый св.Феофил. Через 11 лет после его смерти пророчество подтвердилось: В 1864 г. иеромонах Выдубицкого монастыря Иона построил при своей отшельничьей келье на Зверинце деревянную Свято-Троицкую церковь.

Один из немногих киевских монастырей, основанных в конце XIX в. Целостный архитектурный копмлекс в псевдорусском стиле. Возникновение монастыря на этом месте было предсказано прп. Феофилом Киевским (†1853; пам. 28 октября/10 ноября). Основан великой княгиней Александрой Петровной Романовой (в иночестве — Анастасия; †1900).

Первое документальное упоминание о монастыре содержится в уставной грамоте 1441 г., по которой киевский князь Олелько Владимирович предоставляет церкви святой Софии и митрополиту Исидору разное имущество, в частности "святого Фрола и Лавра мыто конское". В 1566 г. киевский протопоп Гулькевич возобновил его и получил в вечное владение по указу Сигизмунда II. В 1632 р. внук Гулькевича отказался от прав на монастырь, оставив его в управлении у игуменьи Агафии Гуменицкой. Монастырь тогда имел церковь в честь свв.Флора и Лавра и был весь деревянный.