Выдающийся памятник архитектуры "мазепинского" барокко конца XVII в. Сооружена на месте первой деревянной церкви "Ветхого" Печерского монастыря на Дальних пещерах (ул. Лаврская, 15).

По Патерику и "Повести временных лет", первую наземную деревянную церковь, посвященную Успению Богородицы, соорудил в "Ветхом" монастыре первый печерский игумен Варлаам перед 1062 г. После постройки Успенского собора этот храм стал играть роль кладбищенского — в нем отпевали умерших монахов. О более поздних перестройках этого храма ничего неизвестно до первой половины XVII в. На то время он уже был посвящен Рождеству Богородицы.

По Афанасию Кальнофойскому, деревянная церковь на месте предыдущих сооружена в 1635 г. На плане 1638 г. церковь изображена трехкупольной, окруженной опасаньем. Рисунок Абрагама ван Вестерфельда (1651) изображает церковь крестообразной, с пятью куполами. Такой же мы ее видим и на плане Ушакова 1695 г.

Каменная церковь построена в 1696 г. на средства киевского полковника Константина Мокиевского при архимандрите Мелетии Вуяхевиче. К сожалению, неизвестно имя мастера, который ее возводил. Церковь Рождества Богородицы уникальна по композиции и является настоящим шедевром украинской архитектуры XVII в. Храм с самого начала был семикупольным — к трехчастному трехкупольному объему примыкали четыре угловые пристройки в виде часовен, завершенных куполами (распространенное в литературе мнение, что упомянутые пристройки появились в 1767 г., является ошибочным: церковь изображена семиглавой на гравюре Леонтия Тарасевича 1701 г.). Уже в начале XVIII в. интерьер был украшен стенописью.

В северно-западной пристройке сохранилась надпись о капитальной реставрации, законченной в сентябре 1752 г., во время которой крыша была покрыта белым железом, а купола позолочены. Тогда же обновлен иконостас и настенная роспись. Следующий ремонт осуществлен в 1767 г. Новый иконостас в стиле рококо сооружен в 1784 г. Он имел чеканные серебряные царские врата работы мастера Григория Чижевского, которые сейчас хранятся в Лос-Анджелесском музее искусств. В 1817 г. стены церкви были заново расписаны киевским художником Иваном Квятковским в стиле академизма. Эта роспись также не сохранилась.

В 1894 г. по проекту Владимира Николаева в углублениях между угловыми часовнями были сооружены притворы. Во время реставрации 1968—70 гг. они разобраны. В конце 1980-х годов церковь полностью заново расписана в "древнерусском" стиле. Ныне церковь Рождества Богородицы является храмом Киевской духовной академии и семинарии.

Церковь стоит на небольшом холме, северный склон которого в 1769—71 гг. укреплен подпорной стеной с открытой аркадой, имеющей красивые очертания. Возводил это сооружение строитель Степан Ковнир. Вокруг церкви расположено кладбище XIX в. Бастион Печерской крепости, охватывавший территорию Дальних пещер, по имени церкви назван Рождественским.

На Рождественском кладбище погребены духовные и светские лица, имевшие значительные заслуги перед Церковью и государством: архимандриты Лавры Амвросий и Антоний, известный старец иеросхимонах Вассиан Слепой, настоятельница Арзамасской общины Олимпиада (ныне ее мощи покоятся в Свято-Введенском храме), иконописец Феодосий, дочь писателя С.Т. Аксакова София, генерал-майор Платон Голубцов с супругой — начальницей Киевского института благородных девиц Екатериной Голубцовой, сенатор В. Ильяшенко, герои и участники Отечественной войны 1812 г. генерал от инфантерии Паисий Кайсаров и генерал-адъютант Афанасий Красовский, и многие другие. Здесь покоится прах известного полководца генерал-фельдмаршала Фабиана фон дер Остен-Сакена. В 1815 г. он был военным комендантом захваченного русскими Парижа. С 1831 г. — губернатор Киевский, Подольский и Волынский. Дружил с митрополитом Евгением (Болховитиновым). Большинство погребений на этом кладбище относится к XIX в.

Западнее церкви высится красивая и стройная колокольня Дальних пещер, построенная в 1754–1761 гг. по типу надвратных Степаном Ковниром. Высота колокольни 41 м.

С 1993 года, после восстановления Киевских духовных академии и семинарии на территории Киево-Печерской Лавры в 1989 году, является академическим храмом студентов и воспитанников КДАиС.

26 ноября 2017 года, Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины Онуфрий совершил освящение обновленного академического храма Киевских духовных школ.