Первое документальное упоминание о монастыре содержится в уставной грамоте 1441 г., по которой киевский князь Олелько Владимирович предоставляет церкви святой Софии и митрополиту Исидору разное имущество, в частности "святого Фрола и Лавра мыто конское". В 1566 г. киевский протопоп Гулькевич возобновил его и получил в вечное владение по указу Сигизмунда II. В 1632 р. внук Гулькевича отказался от прав на монастырь, оставив его в управлении у игуменьи Агафии Гуменицкой. Монастырь тогда имел церковь в честь святых Флора и Лавра и был весь деревянный. Только в конце XVII в. был сооружен каменный дом настоятельницы, но монастырь и далее оставался одним из самых бедных.

Только после того, как в 1712 г. Флоровскую обитель объединили с богатым Вознесенским монастырем, ликвидированным в Печерском местечке, начинается обширное каменное строительство. Уже в 1732 г. освящена Вознесенская церковь, в 1740 г. сооружается колокольня, первый ярус которой был каменным, а верхние — деревянные, монастырское подворье обносится каменной оградой. В 1759 г. бывший дом игуменьи превращен в трапезную. Монастырь считался аристократическим, много монахинь, происходивших из знатных семейств, жили в отдельных домах. Обитель славилась как центр художественной вышивки. В 1767 г. в монастыре постриглась под именем Нектарии известная Наталья Долгорукова.

Современный ансамбль строений сложился после пожара 1811 года, когда каменные строения монастыря были обновлены, а вместо сгоревших деревянных построены новые каменные, в частности, Воскресенская церковь и кельи. Застройка Флоровского подворья на протяжении 1821—32 гг. — наиболее известная работа киевского архитектора Андрея Меленского. В 1844 г. в состав ансамбля вошла церковь Казанской Божьей Матери, а в 1857 г. — кладбищенская Троицкая церковь, построенная на Замковой горе. Тогда же расположенное на этой горе монастырское кладбище вместе со всей территорией монастыря было заново окружено каменной оградой.

Среди святынь монастыря особо известной была чудотворная икона Руднянской Божьей Матери, принесенная в обитель в 1689 г., но она была утрачена в советский период. Почитаются также списки икон Казанской, Тихвинской и именуемой "Скоропослушница" Божьей Матери, икона св.Варвары с частицей мощей. В Казанскую икону вмонтирован зуб св.Георгия Победоносца. Есть также вышитый образ св.Серафима Саровского, исполненный игуменью Флавией (Тищенко, ум. в 1956 г.) и небольшой ковчежец с частицами мощей печерских святых. Из новых икон заслуживает внимания образ Державной Божьей Матери, подаренный от московского храма Христа Спасителя. Кроме того, жительницы монастыря почитают могилы инокини Елены (Бахтеевой), умершей в 1834 г. и похороненной в гробу св.Тихона Задонского, и епископа Феодора (Поздеевского, ум. в 1924 г.).

Монастырь был закрыт советской властью в 1929 г., строения переданы жилкооперативу, в перестроенной Казанской церкви расположился цех протезного завода. В 1936 г. снесена церковь св.Троицы на горе, исчезли иконостасы и две необычайно живописные ротонды в стиле ампир над колодцами. Монастырь был заново открыт во время нацистской оккупации. С 1942 г. настоятельнице была Флавия (Тищенко), потом Антония, Анемеиса (ум. в сер.1970-х гг.), Агнесса (ум. в 1985 г.), а ныне Антония (Филькина). Во время антирелигиозной кампании 1960-х годов монастырь снова пытались закрыть, строения были отобраны государством, в трапезной и Воскресенской церквях разместились мастерские Укрреставрации. Только в 1993—94 гг. они были выселены. В те же годы начата реставрация Казанской церкви. Ныне в монастыре, вместе с послушницами, насчитывается около 170 сестер.

Под руководством игумении Антонии (Филькиной) в обители проходили восстановительные роботы. Все богослужения совершаются в Вознесенском соборе. Все храмы (кроме разрушенного Свято-Троицкого) возвращены монастырю. Восстанавливается Казанский храм. Как и в былые времена, Флоровский монастырь является своекоштным (необщежительным).

23 сентября / 6 октября 2009 г. состоялось прославление подвижницы благочестия инокини Елены (Бахтеевой; †1834) в чине преподобных.

Престольные праздники: Вознесение Господне, дни памяти мчч. Флора и Лавра (18/31 августа), свт. Николая (9/22 мая, 6/19 декабря), дни празднования в честь Казанской (22 октября/4 ноября, 8/21 июля), Руденской (13/26 июля) и Тихвинской (26 июня/9 июля) икон Божией Матери. Прп. Елены (23 марта / 5 апреля и 23 сентября / 6 окт.)

Святыни: Ковчежец с частицами мощей прпп. Печерских — в алтаре. Мощи прп. Елены Киево-Флоровской. Чтимые иконы Божией Матери: Казанская, Тихвинская и «Скоропослушница». Казанская икона Божией Матери с частицей мощей вмч. Георгия. Иконы прп. Иова Почаевского, вмц. Варвары, мч. Лавра, свтт. Феодосия Черниговского и Николая Чудотворца с частицами мощей.

Южнее собора находится целебный источник.

Настоятельница монастыря.

Богослужение Ежедневное. Вечернее: 16.30 (летом — 17.30). Литургия: 7.00 (летом — 8.00). В воскресные и праздничные дни — 7.00 и 9.30 (летом — 8.00 и 10.30).

Монастырь не переходит на летнее время.

Адрес: 04070, г. Киев, ул. Фроловская, 6/8. Тел. 425‑01‑81.

Проезд: Метро «Контрактовая площадь».