Архиепископ Иларий (в миру - Эдуард Степанович Шишковский) родился 18 апреля 1969 года в г. Николаеве в семье верующих. 9 июня 1969 крещен в Никольском храме в честь Всех святых с именем Иоанн.

1976 начал учиться в средней школе № 14 г. Николаева. В 1980 году, после переезда в г. Брянка Луганской области, перешел в СШ № 10, которую окончил через шесть лет. Впоследствии учился в СПТУ № 18, которое закончил с отличием в июле 1987 года.

С июля 1987 года по июнь 1988 года работал в Ленинской геологоразведочной экспедиции помощником бурильщика.

19 июня 1988 призван в ряды Советской армии. Службу проходил в г. Саратове. Уволен в запас 29 мая 1990.

1990 поступил в Киевскую духовную семинарию. 1993 окончил ее с отличием и поступил в Киевскую духовную академию, которую в 1997 году также окончил с отличием.

С 1996 года - преподаватель Киевской духовной семинарии. 18 марта 1999 защитил кандидатскую диссертацию на тему «Религиозно-эстетические взгляды Древней Руси в досинодальний период» и получил научную степень кандидата богословия.

1999 года назначен преподавателем Киевской духовной академии и семинарии по богословским дисциплинам «Моральное богословие», «Церковнославянский язык», «Религиозная этика» и «Православная экклезиология».

С 1999 года - член Ученого совета Киевской духовной академии и ответственный секретарь «Трудов Киевской духовной академии».

Принял монашество с именем Иларий. В священном сане с 2000 года.

В августе 2000 года назначен руководителем издательского отдела Киевской Митрополии.

2001 года к дню Святой Пасхи по благословению Блаженнейшего Митрополита Владимира возведен в сан игумена.

С 2002 года преподавал курс «Основы христианской морали» и возглавлял кафедру теологии, образованную на базе Украинско-Азербайджанского института социальных наук и международных отношений им. Г. А. Алиева в Международной академии управления персоналом.

С марта 2003 года - член постоянно действующей комиссии по вопросам этики при Государственном центре иммунобиологических препаратов. 21 ноября с благословения Блаженнейшего Митрополита Владимира возведен в сан архимандрита.

28 января 2005 назначен секретарем Ученого совета КДАиС, 30 марта 2007 года - проректором КДАиС. 10 июня 2007 решением Священного Синода Украинской Православной Церкви и по благословению Блаженнейшего Митрополита Владимира назначен секретарем Учебного комитета при Священном Синоде УПЦ.

29 июля 2007 Блаженнейшим Митрополитом Владимиром был возведен в сан епископа Северодонецкого и Старобельского. Архиерейская хиротония владыки состоялась 29 июля 2007 года в Трапезном храме Киево-Печерской Лавры.

Согласно решению Священного Синода Украинской Православной Церкви от 11 ноября 2008 года, стал епископом Херсонским и Таврическим (Журнал № 103), а также назначен на должность председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации УПЦ (Журнал № 104).

Решением Священного Синода УПЦ от 17 ноября 2008 года назначен епископом Макаровским, викарием Киевской Митрополии (Журнал заседания № 108). А согласно Журналом № 109 того же заседания, он был назначен ректором катехизаторские-регентского духовного училища и иконописной школы Киевской епархии.

Решением Синода УПЦ от 23 декабря 2010 года (журнал № 51) возглавил новообразованный Комитет по биоэтике и этическим вопросов при Священном Синоде УПЦ. Также Синод поручил владыке Иларию управление новообразованным Макаровским викариатством Киевской епархии (журнал № 49).

Решением Синода УПЦ от 16 сентября 2014 г. (журнал № 56) освобожден от должности председателя Комитета по биоэтике и этическим вопросам при Синоде Украинской Православной Церкви (в связи с ликвидацией этой структуры).

17 августа 2015 года, в годовщину интронизации Предстоятеля УПЦ Блаженнейшего Митрополита Киевского и всея Украины Онуфрия, в Успенском соборе Киево-Печерской Лавры была совершена торжественная Божественная литургия, во время которой епископ Иларий возведен в сан архиепископа.

16 марта 2018, в 14 часов дня, на 49-м году жизни, после инсульта, отошел ко Господу викарий Киевской Митрополии архиепископ Макаровский Иларий (Шишковский).

17 марта 2018 года чин погребения совершен в Успенском соборе Киево-Печерской Лавры. Похоронен в скиту Киево-Печерской Лавры в честь Печерской иконы Божией Матери.