Протоиерей Геннадий Батенко родился 18 августа 1969 года в городе Жмеринка Винницкой области в семье служащих.

В 1986 году окончил среднюю школу в городе Николаеве.

С 1986 по 1989 гг. учился в Киевском медицинском училище № 2 по специальности фельдшер.

В 1989 году начал работать в реанимационном отделении КНИИ хирургии им. Шалимова.

С 1990 по 1996 гг. учился в Киевском медицинском университете, по окончании которого получил профессию хирурга-комбустиолога.

С 1996 по 1999 гг. работал в ожоговом центре в городе Киеве.

В сентябре 1999 года стал студентом Киевской Духовной Семинарии, которую окончил в 2003 году.

4 ноября 1999 г. Блаженнейшим Митрополитом Владимиром рукоположен в сан диакона, а 4 декабря того же года архиепископом Павлом рукоположен в сан иерея. Назначен настоятелем храма Архистратига Михаила (Медгородок).

В 2008 году на Светлое Христово Воскресенье Блаженнейшим Митрополитом Владимиром возведен в сан протоиерея.

В 2008 году награжден юбилейным орденом “1020-летия Крещения Руси”.

Решением Священного Синода Украинской Православной Церкви от 22 ноября 2008 года назначен Председателем Синодального отдела «Миссия Церковь и медицина».

10 февраля 2011 года определением Священного Синода УПЦ назначен заместителем председателя Синодального отдела по делам медицины.

Согласно Распоряжению по Киевской епархии УПЦ № 1761 от 25 сентября 2013 назначен Благочинным Второго больничного благочиния города Киева.

16 апреля 2014 года, Местоблюстителем Киевской митрополичьей кафедры награжден митрой.